Внешнюю обработку необходимо открывать через Файл - Открыть.
При запуске необходимо указать организацию и дату, на которое должно произойти выравнивание регистра. После заполнения реквизитов необходимо нажать кнопку - Выравнять остатки.
В ходе выполнения обработки создаются два документа Корректировка регистров. В одном документе происходит полное списание остатков по регистру Свободные остатки. В втором документе происходит заполнение регистра Свободные остатки по регистру Товары на складах.
Функционал тестировался на Управление торговлей, редакция 11 (11.4.13.47).
Платформа - 1С:Предприятие 8.3 (8.3.20.1674).