Либо переводить пользователей на ручной обмен, и придумать механизм, как заставить их производить обмен как можно чаще, чтобы избежать большого размера пакета при обмене
А пакеты анализировали? В них точно ничего лишнего? Может там какие нибудь объекты регистрируются которые регистрироваться не должны.
Например один талантливый парень написал загрузку Номенклатуры из одной базы в базу с РИБ на очень много узлов. И ничего лучше не придумал как обновлять все 10000 номенклатурных позиций при загрузке. А из них изменялись за весь период может всего 100-150 номенклатурных позиций. Но каждый раз в обмен регистрировались все 10 тыс. Которые потом расходились по узлам. И обмен между узлами из за этого шёл по 10-20 минут.