(1)Возможно в БП3 субконто не указано, ну или как вариант выгрузить правило в КД, посмотреть, что там указано при синхронизации, по какому признаку ищется в приемнике это субконто. Бывало, что бухи лезли в субконто и "правили" наименование субконто, тупо лишний пробел жмакнули и типо не обратив внимание на сообщение об изменении нажимали ОК.
68.90 это ваш налоговый счет в налоговой , расшифровку своей задолженности по налогам вы можете получить только у них , этот счет безликий. то что вы уплатили деньги на пополнение этого счета и даже написали в назначении платежа "НДС" совсем не означает что вы оплатили НДС, возможно деньги пойдут на уплату НДФЛ, так как существует алгоритм зачета уплаты. Перспектив что на этом счете в субконто что то появится пока нет, если только не поменяется законодательство. Для бухгалтера стало намного сложнее. Допустим у вас счет не сходится с данным налоговой , тогда проверяете все задолженности комплексе.
(8) В типовой аналитики по счету нет, поэтому ждать заполнения введённых пользователем (программистом) субконто и сведение - как и спасение утопающих дело самих пользователей (программистов), которые это сотворили...ждать ответа на вопрос, "почему не заполняются" если этого заполнения в типовой не предусмотрено, ИМХО бесполезно.
ЗЫ Может я ошибаюсь, и в типовой есть эти субконто (особливо доставляет "Организация" вторым субконто), тогда извините...