Запрос к регистру с накоплений по датам документов.

Сдаётся мне тут не в СКД задача, а в запросе для этой СКД. Беда стандартного подхода к решению задачи - тот факт что таблица остатков товаров, получаемая в запросе это одна общая таблица для всех документов и установленный на неё параметр "ДатаОкончания" устанавливается для всех табличных частей документов. Которые, кстати, тоже одна таблица.
То есть, в таком запросе данных для решения задачи в принципе не содержится, как ты его не компонуй.

Соответственно, запрос нужно строить не только от таблицы остатков, а от таблицы остатков и таблицы оборотов, корректно связывая их с таблицей товаров из документов. Алгоритм такой:
1)Получить таблицу всех товаров из документов и поместить в индексированную временную таблицу.
2)Получить таблицу остатков этих товаров на дату начала отчёта.
3)Получить таблицу оборотов этих товаров с даты начала отчёта по дату окончания.
4)Соединить таблицу 1 и 2
5)Соединить таблицу 1 и 3 по условию Номенклатура(,Характеристика?), Т1.Дата>=Т3.Дата
6)Объединить 4 и 5
7)Сгруппировать 6 с суммированием по полю остаток.
Вуоля.

Не совсем понимаю по пункту 6

Если я правильно понял условие, то требуется собрать даты документов + номенклатуру в них и соответственно получить остатки на каждую дату по списку товаров из этих документов?
На скд можно реализовать 2мя наборами данных, в этом случае можно передать выходные поля дата в параметр виртуальной таблицы остатков.

В запросе необходимо использовать 2 таблицы
1. Таблица ТЧ документа
2. Таблица регистра накопления "Остатки и обороты"
Связываешь все по регистратору и номенклатуре и берешь остаток на начало.
Должно помогти