Подозрение на "Поиск и удаление дублей")

Пришел ко мне товарисч с вот такой вот болью:
Не хватает аналитики в оборотке. А именно "Куда то делись подразделения".

Копнул глубже - подразделения есть. В документах указаны. Но!
Не во всех случаях Документ.Организация = Документ.Подразделение.Владелец. То есть в докуменах(типовых) указаны "чужие" подразделения. В интерактиве такого не намудришь.

Этого можно было добиться только используя групповую обработку по изменению реквизитов или, что более вероятно, поиск и удаление дублей. Так как:
1) "Нам настраивали раньше обмен, но слишком много задвоений было, мы отказались"
2) В регистрах та же ситуация, что и в документах.
3) В базе несколько организаций. Могли слить подразделения в одно не обращая внимания на "Владелец"
Судя по всему, сделано это было очень давно.

Задаюсь вопросом: как можно выправить ситуацию?

Пока мысли такие:

Пробежаться по метаданным, отобрать метаданные, которые могут хранить в себе реквизит, содержащий тип СправочникСсылка.Организация и реквизит, содержащий тип СправочникСсылка.Подразделение, чтобы в дальнейшем сопоставить Организация и Подразделение.Владелец и понять наш ли это пациент..

Трудности:
1) Таких метаданных может быть немало. Справочники, документы, РБ, РС, РР, РН. Для каждого вида писать свой код "обработчика проблемы". Очень много кода.
2) У одного и того же вида метаданных (возьмем, к примеру, некий регистр) может быть несколько реквизитов\измерений\.. содержащих искомый тип (как пример: Организация и Головная организация).

На первый взгляд выглядит задача довольно геморно. Может, есть иной подход, который я уже замыленным глазом не вижу?