() приведет к тому, что номенклатуры с пустым составом не будут выведены.
Чтобы избавиться от NULL, а это частая ситуация с соединениям (здесь оно происходит неявно), можно использовать функцию ЕСТЬNULL() прямо в запросе.
Запрос.Текст =
"ВЫБРАТЬ
| Номенклатура.Ссылка,
| Сумма(ЕСТЬNULL(Номенклатура.Состав.Стоимость, 0)) КАК СтоимостьСостава
|ИЗ
| Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура....";
Если строка состава не была найдена, то стоимость = NULL и функция ЕСТЬNULL это заметит и вернет значение по умолчанию, в данном случае это 0