Роли в СКД

У меня такое двоение вызывали лишние галочки на вкладке Другие настройки.
Причем по смыслу непонятные. Как снимешь галки - двоение прекращается.

В группировку нужно номенклатуру добавить и будет все ок. Вы ведь выводите детальные записи после группировок, а там:
Номенклатура1
Номенклатура2
Номенклатура1
Номенклатура2

Вот и получается задвоение номенклатуры

Количество тоже будет задваиваться, которое является ресурсом

У меня изначально
Контрагент Образец1 Заказ1 Номенклатура1 количество1
Контрагент Образец1 Заказ1 Номенклатура2 количество2
Контрагент Образец2 Заказ1 Номенклатура1 количество1
Контрагент Образец2 Заказ1 Номенклатура2 количество2

Есть ли у вас поле с ролью "Период"? Мне помогала простановка данной роли, правда немного в другом случае.
Если смотреть справку:
Роль поля указывает, каким образом следует интерпретировать поле. Роль поля содержит следующие свойства:

Период – число, содержащее номер периода в случае, если поле является полем – периодом. Значение 0 означает, что данное поле периодом не является. Самый младший период должен иметь номер 1. Его родительский период – 2 и т.д. Например для запроса, получающего данные из виртуальной таблицы остатки и обороты поле Период должно иметь номер периода = 3, поле Регистратор – 2, поле НомерСтроки – 1. На основании данной информации механизм будет рассчитывать итоги по полям остатка. Дополнительную информацию о расчете итогов по полям остатка в механизме компоновки данных можно найти в документе "Расчет итогов по полям остатка";

В запросе имеются поля ПериодСекунда, и Регистратор. Я выставил им Роль 1, 2.