В модуле обычного или управляемого (зависит от конфигурации) процедура "ПриНачалеРаботыСистемы", в нее пропишите запуск обработки или отчета как Вам надо.
Вариант 2: сделать ярлык на базу 1С, в параметрах ярлыка указать "/Execute [имя файла внешней обработки]" ( ).