Для начала необходимо сохранить конфигурацию в файлы, при этом 1С сохраняет объекты конфигурации в отдельные файлы модулей, форм, описания метаданных и т.д. Среди них нам интересны файлы Role.ИмяРоли.Rights.xml, именно в них находится описания прав роли. Далее остается сравнить файлы ролей и добавить разрешающие права в роль-приемник. В обработке выбираем соответствующие файлы, нажать Выполнить и все. Остается только обратно загрузить конфигурацию из файлов.
Само объединение происходит путем создания из xml файлов прав ролей объектов XDTO, сравнения и модификации свойств этих объектов.