Платежка дважды попадает в книгу покупок

Вообще то при получении аванса запись должна быть в Книге продаж, а вот зачет аванса в Книге покупок?!

1. При получении аванса счет фактура действительно регистрируется в книге продаж. Проводка до дт 76.АВ идет в самой авансовой счет-фактуре.
2. При отгрузке (по факту обнаружения в книге продаж отгрузки по данной предоплате) в книге покупок зачитывается аванс и делается проводка в кт 76.АВ.

Если в книгу покупок зачет аванса сел дважды то стоит проверить не сала ли дважды отгрузка, не изменили ли задним числом аналитику документов (контрагента, договор).
Еще помнится в районе отчетности за 2й квартал была ошибка в формировании книг покупок при которой программа в регистр НДС с авансов писала пустую валюту, то есть по регистру программа считала что аванс не закрылся и пыталась закрыть его позднее. Посмотрите, может вы формировали книгу покупок на том глючном релизе (посмотрите на движения НДС с авансов и измерение валюта) если да - то просто перепроведите документ (заполнялся то он верное, но в регистр писал неверные записи).