отчет АнализСчета

Не сталкивался. иногда в Вашем вопросе звучит подозрительно. Нужно смотреть в документы, которые не выводятся (только как их узнать:)) А вообще проблемы не в Анализе Счета, а в Отчете по проводкам - именно он формирует расшифровку сумм. В анализе счета используются Итоги, а в отчете по проводкам разбираются операции. Ситуация когда итоги и суммы по операциям не равны это неестественно для базы. Если никто не ломал отчет по проводкам такие ошибки могут вылезать много где и большинству Ваших отчетов я бы доверять не стал...

в том-то всё и дело, что отчеты АнализСчета и ОтчетПоПроводкам и документы - стандартные (не правленые)...

Найди где не правильно и поковыряй отладчиком. Можно конечно написать отчетик, который пробежится по операциям и итогам и найдет несооветствия, но это ж писать нужно, а проблема судя по всему ужастно не типичная:)
Если отчеты не перепиленные, то 99% проблема у бухов, при заполнении и проведении документов.

Может поможет пересчет итогов?

Не помогает ни пересчет итогов, ни переиндексация. Хотя, возможено, в данный момент кто-то другой работает с анализируемыми счетами в заданном в анализе счета периоде, т.к. бухи говорят, что неоднократное нажатие на кнопку "Обновить" приводит к желаемым результатам... Ваше мнение?..