1C:.Комплексная конфигурация 7.7

Белочка?
"берет в расчет те документЫ..." НДС относится даже не к документУ, а к строке документА. Одного!
"... не должно быть" Не должно КОМУ? Бухгалтеру, который ошибся? Или учетной системе, которая неспособна, как человек, нарушить заложенные алгоритмы (правила)?
Программа не может работать "как хочется". Только - как написано.
А реально - стандартная свертка не удаляет документы, которые являются значениями субконто.

Перед сверткой тестирование и исправление делали? (А еще лучше выгрузку/загрузку). И не совсем понятно где "...не корректно формируется НДС"?

Переиндексация и Тестирование и исправление логической целостности.

При свертки формируються документы по покупателям "Ввод остатков по покупателю" с типом операции "Остатки книги Продаж" и документы по поставщикам "Ввод остатков по поставщикам" с типом операции "Остаки книги Покупок". Формируються они на основе остатков в регистрах КнигаПокупок и КнигаПродаж.Там и находиться как вы говорите ваш старый НДС.Смотрите эти документы.

Короче: максимально подробно и обстоятельно описывайте проблему - получите нормальные ответы.