Если у вас зарплата выплачивается в начале следующего месяца, то:
Во второй раздел следующего квартала попадает все, что выплачено в начале этого следующего квартала например, в апреле за март. Причем разными "кучками". Чисто зарплата отдельно, больничные отдельно и м.б. какая-то премия или еще различные начисления не входящие в оплату труда. Но если последний день предыдущего квартала нерабочий, то сюда же попадут и больничные, и отпуска за 2 ой месяц предыдущего квартала. Ну и премии с кодом 2003. Может у вас есть еще какие-то выплаты, не относящиеся к оплате труда, но выплачивающиеся вместе с зарплатой.
Эти суммы еще можно увидеть в регистре накопления "НДФЛ:Расчеты с бюджетом". Дата в колонке "срок уплаты" говорит о том, куда попадет этот НДФЛ
Попробуйте посмотреть Анализ начисленных налогов и взносов (НДФЛ) - там можно из нужной строки вызвать Регистратор и посмотреть, каким документом отражена сумма начисления или удержания