Документ Сведения о страховом стаже застрахованных лиц, СЗВ-Стаж у сотрудника не полностью заполнились сведение о страховом стаже. ЗУП 2.5.127.1

(4) У вас ежемесячно в расчетном листочке должно быть начисление закрывающее весь период по времени и при этом попадающее по настройкам в период стажа. При этом не должно быть другого начисления которое будет вытеснять основное например неявки по невыясненным причинам при определенных настройках могут перебивать действие других начислений и если у них самих стоит "не отражается в перс.учете" то период может выпасть из стажа.
Ну и в структуре последних ЗУП начали использоваться регистры в названиях которых в конце стоит слово "интервальный" говорят они чувствительны к порядку проведения документов. Попробуйте в копии перепровести кадровые перемещения и другие документы которые могут влиять на стаж проблемных сотрудников в хронологическом порядке, может вам повезет и это поможет...