6-НДФЛ с отпускных

Добрый день! В организации существует практика по выплате отпускных. Например если отпуск с 01.07.2016, а зп за июнь не расчитана, то сотруднику выплачивают отпускные за три дня до отпуска не учитывая в среднем июнь, а когда июнь расчитан, пересчитывают документ Начисление отпуска и остаток, который не выплатили выплачивают с заработной платой. В настройки программы стоит галочка Исчисленный НДФЛ равен удержанному (упрощенный вариант). В 6-НДФЛ с данного документа попадает полная сумма (та сумма которая начислена с учетом среднего за июнь), когда по факту перечислили НДФЛ с меньшей суммы. Так вот как быть в этой ситуации? И правильно ли указывать полную сумму (с учетом июнь)?