не заполняется автоматически документ "Перечисление НДФЛ в бюджет РФ"

(1) Умочка, по-видимому речь идет о перечислении за Май.
Если Вы уверены, что все необходимые документы по расчету зарплаты за этот месяц проведены, то в документе перечисления НДФЛ установите пустое значение Даты уплаты, или любое значение Июня.

PS Фактическую дату поставите после заполнения.
И обратите внимание на замечание (2), если учет по НДФЛ ведется при снятом флажке "удержанный = исчисленному".

(4) Умочка, перечисление вводите за каждый месяц.
Вот простой отчет, кторый покажет вам на любую дату (в том числе и на дату вашего перечисления) остатки НДФЛ к перечислению в разрезе месяцев начисления.

Скорее всего у в этом регистре беспорядок...

(4) Умочка, то, что нет записей с "-" в указанном регистре, действительно указывает на отсутствие проведенного документа на перечисление налога.

И совсем смешное - такое сообщение возникает, когда пытаетесь сформировать список по периоду, за который уже произошло перечисление (создание документа копированием, а период, за который перечисляете, забыли поменять).

Покажите скрин документа на перечисление НДФЛ, и так, чтобы все даты и период были видны.