(1) applesound, Документы - Налоги - Журнал по авансовым платежам. Ввести новый документ "Авансовый платеж по НДФЛ". Только проводить его можно только после получения из налоговой уведомления о том, что можно засчитывать платежи в расчете НДФЛ. Также нужно поставить с этого месяца (если стояло "нерезидент") статус "резидент".
(3) applesound, в форме списка справочника сотрудники, позиционируешься на нужном сотруднике, жмешь F5, выбираешь СтатусНеРезидента
insert(добавляешь новую запись) ставишь дату и значение 0.