(3) Подскажите, о чем тогда "Раньше можно было несколько создать баз базовых на разные "ИНН", т.к. "базовая для 1" всегда привязывалась к ИНН и никогда не позволяла создавать информационные базы организаций с ИНН отличным от ИНН владельца?
Какое отношение обновление имеет к возможности создания нескольких информационных баз?
Если у вас обычная базовая версия, то она позволяет создавать информационные базы без привязки к ИНН.
Если же у вас "базовая для 1" то да, программа привязана к ИНН владельца и самостоятельно вручную добавить информационную базу с произвольным ИНН организации вы не можете.
Если проблема началась только после обновления, то возможно вы установили обновление для перехода с конфигурации "базовая" на "базовая для 1", умудриться такое сделать сложно, но теоретически при большом "умении" можно.
Для уточнения информации покажите окно со справкой "О программе" из конфигуратора проблемной базы.