После закрытия месяца, если нет ошибок, то данные по себестоимости попадут в регистр "Выручка и себестоимость продаж". Отчет "Валовая прибыль" делается именно по нему.
()
ввод остатков формирует движения в регистр выручка и себестоимость продаж
Откуда Вы это взяли?
Ввод остатков только остаточные показатели вводит (если речь не идет о продажах прошлых периодов).
А регистр "Выручка и себестоимость продаж" - оборотный. Ввод остатков товаров на складах двигает регистр "Себестоимость товаров". Оттуда количества непосредственно при продаже товаров попадают в регистр "Выручка и себестоимость продаж", а суммы попадают туда же в движения соответствующих документов реализации, но только после закрытия месяца.