в акт сверки попадает расчет себестоимости КА 1.1.36.2

Видимо это поставщик по которому был возврат. При возврате поставщику пишутся проводки в 76.02 (расчеты по претензиям), а при расчете себестоимости разница между первоначальной стоимостью товара и себестоимостью на момент возврата тоже уходит в Дт76.02. Если в самом документе возврата или регистре "контрагенты" организаций вы прописали куда эту разницу кидать дальше, то при р/с будет и Кт76.02 на ту же сумму. В акт сверки сумма попадет, но на сальдо не повлияет. Причина такого поведения примерно такова: купили товар по цене 10000, прошло время), этот товар стоит 11000. Решили вернуть. Возврат сделает проводку 76.02-41 на 10000, а расчет себестоимости "догонит" 76.02-41 1000. Далее если в документе возврата указаны счета прочих доходов/расходов для разниц, то тот же расчет с/с еще и пропишет 91.02 - 76.02. И все в ажуре. Если счета не указали нигде то насколько я помню расчет себестоимости выдаст в протоколе ошибку.

В документе возврата на закладке "Дополнительно" (вроде там, программы под рукой нет) есть раздел для отражения счетов при разнице в стоимости. Обычно указывают для доходов 91.01 и обязательно статью прочих доходов/расходов, а расходы на 91.02, опять же статью. Это делается индивидуально для каждого документа. Если хочется жить проще, то заходим в регистр сведений "Контрагенты организаций" находим запись с валютой регучета. Заходим в нее и на закладке счета расчетов по таре (как бы странно это не звучало) заполняем счета доходов/расходов.