Счет затрат по амортизации КФО 4. 401.20 или 109.61?

Оба не правы...

Ежемесячно суммы начисленной амортизации учреждение отражает по дебету «затратных» счетов бухгалтерского учета. Для этого используется:
- ) если амортизация начисляется по объектам основных средств, занятым в капитальном строительстве объектов недвижимости или создании других нефинансовых активов учреждения — счет 0 106 00 000 «Вложения в нефинансовые активы» (по соответствующим аналитическим счетам);
- ) если амортизация основного средства участвует в формировании себестоимости готовой продукции, работ, услуг или учитывается в издержках обращения — счет 0 109 00 000 «Затраты на изготовление готовой продукции, выполнение работ, услуг» (по соответствующим аналитическим счетам);
- ) если амортизация основного средства не участвует в формировании себестоимости готовой продукции, работ, услуг и не учитывается в издержках обращения — счет 0 401 00 000 «Расходы текущего финансового года» (аналитический счет 0 401 20 271 «Расходы на амортизацию основных средств и нематериальных активов»).