Как создать поступление на основании док+остаток?

- а при чем тут остатки? если есть реализация - то поступление по товарному составу "эквивалентно" реализации и никаких остатков здесь приплетать не надо...
- посмотреть в сторону документа "продажа собственной фирме"
- посмотреть в сторону "изменить спецификацию документа" или "добавить из документа" - но очень внимательно быть по партиям...

Автору топика советую почитать http://www.infostart.ru/blogs/697/

У меня сперва создается Реализация, далее на основании её нужно создать Поступление, но без товара, который на остатках уже есть.

Пример: На складе два(е) Чебурашки и один Гена, док Реализация должен иметь вид: продается один(а) Чебурашка и один Гена. Поступление должно иметь вид: один Гена, потому что на складе Чебуратор уже есть. Средствами 1с это реально сделать, как-нибудь хитро через заявку поставщику или только внешней обработкой?

ps.: Поступление проводится задним числом!

ВЕРНЕЕ: На складе 1 Чебуратор и 0 Ген.

Имхо вам просто стоит в учете порядок навести.