Счетная ошибка в ЗУП 3.1 Как лучше исправить?

Досталась база ЗУП 3.1. Необходимо было исправить ошибки, т.к. суммы в 6-ндфл попадали не верные. В результате разбора этого безобразия выяснила, что суммы "рисовал" прошлый программист, который внес изменения в типовой модуль по учету ндфл. Модуль обновила, доход отобразился сразу верный. По ходу обнаружила ошибку в расчете дохода НДФЛ у 1с-ников, запрос на исправление им отправила, у себя тоже поправила.
Попутно убрала исправления во общем модуле по взаиморасчетам: программно период регистров "Зарплата к выплате" и "Взаиморасчеты регистров" менялся на дату регистратора, а не на период регистрации, как задумано в типовой.

Бухгалтерия полностью рассчиталась по зп в дек. 2016 года. НО по некоторым сотрудникам расчет был в январе 2017. В результате в сводной ведомости образовалась разница на сумму выплаты. Т.е. раньше эта сумма попадала в январь, т.к. дата ведомости январьская. А теперь после исправления эта сумма отражается в декабре 2016, т.к. выплата была за декабрь 2016.
Бух требует, чтобы эта сумма отразилась в январе, а с точки зрения типовой конфы ЗУП последний вариант верный.

Как в таком случае лучше поступить? Корректировки в ЗУП делать, что не правильно, или бух справку в бух-ию вводить?
Как вы исправляете подобные ошибки в ЗУП?