Неадекватное поведение платформы при обновлении нетиповой

Впервые сталкиваюсь с такой проблемой. И ответа пока не нашла.
При обновлении нетиповой конфигурации ЗУП 3,1 при применении фильтра Показывать только дважды измененные объекты окно сравнения пустеет. Все бы хорошо, но я знаю, что доработки в нашей конфигурации есть, и при визуальном сравнении имеются объекты, измененные как у нас, так и у поставщика.
Кто знает, почему платформа так себя ведет? Где то может есть настройки, чтобы не учитывать собственные изменения.
Отсутствие возможности отобрать дважды измененные объекты существенно усложняют процесс обновления.