1) При этом сообщении - ничего не делать, просто дождаться. Теперь обработки выполняются в фоновом режиме, и можно работать одновременно с обновлением данных.
2) Если не дождались - просто запуститесь ещё раз, программа должна продолжить.
3) Если уж и тут никак - то в запускателе в свойствах базы добавить параметр запуска "/С ЗапуститьОбновлениеИнформационнойБазы". Потом запустить программу, и НЕ ЗАБЫТЬ убоать параметр обратно, а то будет мучить базу каждый раз при запуске!
Если всё нормально - Вы должны снова увидеть это же сообщение. А ПОТОМ, через некоторое время, оно САМО сменится на обычное "Обновление завершено...".
Еще один довольно странный момент, которому я еще не знаю объяснения. Пока не выполнились регламентные операции по обновлению в форме счета вообще не показывалась табличная часть ( были пустые строки), хотя реально в документе строки присутствовали. А после обновления все стало на свои места.
.
Было такое, что затупил сервер (1С). Перезапуск службы решил вопрос. Потом: конфигуратор - запуск приложения. Через консоль администрирования серверов 1С можно было понаблюдать (при необходимости удалить старые фоновые задания и соединения тонких клиентов. Возможно, серверу не хватило памяти или еще каких ресурсов. Или, процессы меж собой "не договорились". В общем, после перезапуска службы "в Муми-доме воцарилось спокойствие и порядок".