Механизм решения следующий: за основание берется документ поступления(тот документ которым приходуется товар на центральный склад), выбирается процент распределения товара по умолчанию для каждого склада, он может быть любым от ноля до 99, главное что бы в сумме по всем складам процент распределения составлял 100. После этого обработка покажет окно, в котором можно указать сколько товара можно отгрузить на тот или иной склад, подсветив сереньким остатки распределяемой номенклатуры для каждого склада
после распределения вам останется нажать кнопочку "Создать документы" и выбрать по каким складам вам нужно создать документ "Перемещение товаров". Все, можно печатать документы и отгружать :)
PS Обработка была написана как обработка табличной части документа "Поступление товаров и услуг" для того что бы можно ее было без изменения конфигурации положить на удобное место в меню "Заполнить" но в случае необходимости легко допиливается до простой обработки. Если возникнет такая необходимость(с моей точки зрения в меню заполнить ей как раз самое место) могу доделать и выложить второй вариант.