Как заменить элемент в табличную часть с помощью конвертации 1с

1. С Номенклатурой что то не так.

Допустим в Базе источнике Товар1. Код = 0001 ,
Товар1. Наименование = "Горшок"

В Базе приемнике Товар2.Код = 0001,
Товар2.Наименование = Пряник

И вот этот самый "пряник" и подставился, в документы.

2. Да, Синхронизация документов по УИД.

Так и не понятно, что у вас было и что должно остаться. Распишите все до мелочей.

а как быть с теми данными, которые уже были изменены в базе приемнике? в частности суммы, их трогать нельзя.

Я отключил, но он почему то все затер, оставив только мою номенклатуры.

В ПКС есть галочка "Не замещать значение свойств у существующих объектов в приемнике"

Разворачивать бэкап и писать новое правило обмена - с синхронизацией по гуиду. Чем дольше будете искать решение (а по-моему тут уже сильно накосячили) - тем больше данных потребуется потом восстанавливать ручками.

Много у вас там в итоге номенклатуры?
Если не очень много и с правилами никак не получается разобраться, то можете пойти по такому пути (чем дольше тянете с исправлением этого бага переноса, тем сложнее потом будет разбираться, ИМХО):
1) Выгружаете всю номенклатуру, которая есть в документах в приемнике например в excel
2) Делаете на ее основе таблицу мэппинга (т.е. какому коду из приемника соответствует какое наименование(или какой у вас там правильный ключ поиска) в источнике). В принципе можно заполнить эту таблицу автоматически на основании данных базы источника (коды-то совпадают).
3) Делаете обработку в которой обходите свои документы и меняете номенлатуру в них согласно мэппингу (данные для мэппинга можете предварительно в ТЗ например загрузить и сразу же дополнить ссылками на текущую и нужную номенклатуру)

Я ввел свой реквизит ИД для контрагентов, договоров. Планируем и для документов. При перебросе уже не возникнет вопросов, что что-то поменяли и оно не загрузилось, по ИД будет сразу видно что это элемент в моей базе такойже как и в другой. Хоть названия и поменяли.