Не секрет, что многие сталкиваются с проблемой расхождения регистров накопления в Комплексной автоматизации, каждый может выбрать свой вариант, но я пошел по следующему. Одним документом "Корректировка записи регистров" привожу регистр к нулю, а вторым на основании данных регистра "Товары организации" и данным по бух. учету ввожу новые партии. Может быть, кому-то пригодится данный метод или он его как-то расширит.