Сбой автоматической нумерации

(1) Lognur, какая длина номера, какая периодичность нумерации? Если за этот период (например, за год) в списке отсортировать по номеру - то какой номер последний в списке? Какой номер выставляется в новых документах?

(1) Lognur,
Если нумерация ТОЛЬКО по одному виду документов - измените у нового (последнего) документа нумерацию вручную, и дальше будет привязываться к нему.
Если нумерация сквозная, на несколько видов документов - найдите, какой вид документов нумеруют неправильно, исправьте, и как выше.

(1) Выставить руками (или обработкой, если "неправильных" номеров платежек много) номера как надо и после этого выполнить метод глобального контекста ОбновитьНумерациюОбъектов() для платежных поручений.

ОбновитьНумерациюОбъектов (RefreshObjectsNumbering)
Синтаксис:

ОбновитьНумерациюОбъектов(<Метаданные>)
Параметры:

<Метаданные> (необязательный)

Тип: Массив; Объекты метаданных. Объект метаданного или массив объектов метаданных, для объектов которого будет выполнено обновление. Если значение параметра не указано, то обновление будет выполнено для всех типов объектов.
Описание:

Выполняет обновление номеров в соответствии с номерами, записанными в базе данных. После вызова данного метода все выданные, но не записанные номера, становятся невалидными, т.к. не гарантируется их уникальность. Данный метод разрешено вызывать только администратору системы.

Доступность:

Сервер, толстый клиент, внешнее соединение.

Рекомендую сначала протестировать на копии.