В базе на MS SQL обработкой удалили документ, Как узнать с какого компа?

Обработка в 1С?

обработка внешняя

Попробуй посмотреть в журнале регистрации
На SQL сервере ниче видно не будет

Надо открыть 1С в режиме "монитор"
Дальше в меню ищи Журнал регистрации
Но есле в обработке нет оператор который туда делает запись то там ничево не будет

И что вообще никак нельзя отследить кто запускал обработку и кто удалил?

Есть такая штука от компании Lumigent - Log Explorer для SQL Server - им можно посмотреть лог sql сервера но при условии что не было бэкапа средствами SQL - если был то лог должен был отрезаться... Ищем место где делается drop или remove(я уж сейчас не помню) по требуемой таблице. В принципе довольно хлопотное дело и если от понимания sqlного синтаксиса далеки то наверное это не ваш путь. Там еще будет сложность с идентификацией сотрудника так как они все для скуля пользователь sa. Но тоже решаемо. Ну в общем я в свое время убил на это два дня чистого времени, чтобы найти злоумышленника. Оказалось ошибка моя - искал вредителя - им оказался я - в программе ошибочно удалялись записи не из той таблицы...
Если необходимо облегчить данный поиск в дальнейшем таких ситуаций то на на просторах инета была довольно подробная статья как средствами sql такую штукку сделать но это немного исправляя глобальный модуль.

для начала надо понять у каких пользователей есть право пользования внешними обработками и доступ к SQL