В прикрепленном MD-файле содержится документ + общие реквизиты документов (дабы не пропадали элементы с формы). При объединении конфигураций загружать только документ, реквизиту «Касса» присвоить тип Справочник.Кассы, реквизиту «Валюта» - Справочник.Валюты.
P.S. Надеюсь, хоть кому-то это пригодится.