Файл конфигурации можно использовать для объединения с основной конфигурацией, можно использовать как отдельную конфигурацию. Документ вполне независим от других объектов.
Создаем документ - заполняем данными из трудовой книжки. Итог записываем в карточку Т-2. Документ сохраняем. Принесли больничный - открываем документ - создаем строку: начало - дата приема на работу в данную организацию, окончание - дата начала больничного листка. Получаем страховой стаж на начало больничного листа. В больничном листе заполняем стаж.