Расчет себестоимости товара с разной детализацией

(1) если говорить простым языком, то делай по классике.
Регистр накопления, остатки и обороты.
В нем измерения, склад, номенклатура, партия (документ) - ресурсы Количество и стоимость.
по уму еще и организацию нужно добавить - не знаю есть она у вас или нету.

Добавляешь его в движения приходных и расходных документов...поступление, оприходование. реализация, списание, перемещение...ну или в каком там контексте, вашей предметной области.

При поступлении, делаешь приход. Партией будет являться сам документ прихода.
При отгрузке, смотрим остатки - и минусуем, по фифо, количество и сумму.

Требуемые данные вытаскиваем отчетами в нужной детализации.