Необходимо в запрос (если на скд) присоединить запрос в регистр с ндс (возможно тупо в документы поступления). Если учет партионный, то проблем не возникнет, иначе
закупочной ценой и с закупочной ставкой НДС
если метод учета "по средней", то метод списания себестоимости котловой и приклеить конкретный ндс к номенклатуре не получится, он будет средний, как и сумма ндс