Разобралась.
Если объект расчетов реализации - договор (порядок расчетов по договорам), то в выручку и себестоимость попадает партнер договора (хотя в договоре стоит галочка разрешена работа с дочерними партнерами), понадобилась доработка
Модуль менеджера реализации
&ИзменениеИКонтроль("ТекстЗапросаВтТаблицаВидыЗапасов")
#Удаление
| ЕСТЬNULL(АналитикаРасчетов.КлючАналитики, &АналитикаУчетаПоПартнерам) КАК АналитикаУчетаПоПартнерам
#КонецУдаления
#Вставка
| &АналитикаУчетаПоПартнерам КАК АналитикаУчетаПоПартнерам
#КонецВставки Показать