Добавление отчета

В каком смысле в справочник ? Если в смысле в справочник вариантов отчетов, то тогда надо чтобы в свойствах отчета значение для хранилище вариантов было выбрано значение то же самое что и в других отчетах

(3) Как я понял было предложено добавить справочник напрямую в конфигурацию а не в расширении и тогда будет возможность создать внешний отчет, тогда в запросе ошибок не будет так как внешний отчет будет видеть справочник из основной конфигурации, но если не получается видеть в запросе поля то есть более хороший вариант как в стандартных отчетах в типовых конфигурациях - пишите в отчете каркасную структуру запроса (чтобы вы могли выводить эти поля или использовать в полях отчета) а в модуле объекта изменяете на запрос который можно будет сформировать в режиме предприятия так как в предприятие в консоли запросов справочник из расширения уже будет виден. Должно получится как-то так