пустая категория товара в интернет-магазине на joomla

Подозреваю, что надо настроить выгрузку того реквизита, который в джумле вы будете называть "Категория товара". Это может быть все, что угодно. От родителя-папки и номенклатурной группы до вида номенклатуры.

Никаких штатных выгрузок в джумлу ни в одной конфигурации 1с не существует. Остаётся только догадываться каким самописным инструментом (обработкой) вы пользуетесь для обмена.
И, как правильно сказали в (2), категорией на сайте может быть всё что угодно, и виды номенклатуры, и сегменты, и товарные категории и даже дополнительный реквизит справочника Номенклатура.
По-видимому, это где-то указывается в настройках вашей обработки или жёстко вшито в её код.