КА 2.4. Изменить механизм формирования акта сверки.

Они берутся не по документам , а по регистрам.

Какие данные у документа продажи и сч. фактуры не совпадают ?

По логике программы в типовом варианте - точно никак. Расчеты ведутся от "Реализаций". Счет-фактура по расчетам движений не делает.
По логике в жизни (если нет программы) даты в сверке - это даты перехода права собственности, т.е. даты отчуждения товара и даты отчуждения денег. Счет-фактура не определяет дату отчуждения товара. Она определяет только дату наступления обязательств продавца перед казной на сумму НДС. СФ - это только про НДС, т.е. про долги перед бюджетом, но не про долги между хозяйствующими субъектами.