Всего 3 шага и проблемы нет:
1. Исправляем нумерацию на правильную у документов в базе. Это можно сделать вручную, если их мало. Если их много, то можно написать простенькую обработку, которая с заданного номера изменит все последующие документы. В крайнем случае, если пользователи готовы создать документы заново, то их можно удалить совсем из базы.
2. Пишем свою обработку по очистке неправильной нумерации. В 1С существует отдельная таблица для хранения номеров документов, но когда мы меняем номер на правильный у документа, то в этой таблице старый неправильный так и остается. Вот нам надо ее и почистить. Благо для этого не нужно лезть в профайлер, а потом создавать sql-скрипты, просто используем стандартную процедуру ОбновитьНумерациюОбъектов(). Но есть нюанс её использования, на который было убито немало времени. Так вот, в обработке создаем кнопку и на нее вешаем всего две процедуры :
&НаКлиенте
Процедура КомандаОбновитьНумерацию(Команда)
КомандаОбновитьНумерациюНаСервере();
КонецПроцедуры
&НаСервере
Процедура КомандаОбновитьНумерациюНаСервере()
МетаданныеДокумент = Метаданные.Документы.РеализацияТоваровУслуг; //укажите свой документ
ОбновитьНумерациюОбъектов(МетаданныеДокумент);
Сообщить("Для документов <"+МетаданныеДокумент+"> обновлена нумерация.");
МетаданныеНумератор = Метаданные.НумераторыДокументов.ДокументыРеализацииТоваров;
ОбновитьНумерациюОбъектов(МетаданныеНумератор); //укажите свой нумератор, который привязан к вашему документу
Сообщить("Для нумератора <"+МетаданныеНумератор+"> обновлена нумерация.");
КонецПроцедуры
3. Запускаем обработку (кому лень писать, она во вложении)
4. Закрываем сессию с базой. Заходим в базу, и автонумерация отрабатывает теперь правильно.
P.S.: Важно! Если у документа есть нумератор, то его тоже необходимо очищать через процедуру ОбновитьНумерациюОбъектов(), без этого не очищается. Релиз 1С:ERP 2.4.9.98. Удачи.