В ЗУПе как то возможно сменить организацию у подразделения? при синхронизации видимо произошла ошибка и у организации "А" в основном подразделении указана другая организация. Есть где то документы связывающие подразделение и организацию? это может на что то повлиять?
Раздел Настройка – Подразделения.
Кнопка "Создать".
На закладке "Главное":
в поле "Наименование" укажите название подразделения;
в поле "Организация" укажите организацию, для которой создается обособленное подразделение;
в разделе "Обособленное подразделение" установите флажок "Это – обособленное подразделение" (доступно, если в настройках организации (раздел Настройка - Организации - закладка "Главное") стоит флажок "У организации есть филиалы (обособленные подразделения))", если необходимо указать собственную регистрацию в налоговом органе в поле "Регистрация в налог. органе". Эта информация используется при формировании отчетности.
На закладке "Бухучет и выплата зарплаты" укажите при необходимости способ выплаты заработной платы и способ отражения зарплаты сотрудников этого подразделения в бухгалтерском учете.
Кнопка "Записать и закрыть".