Влияние на производительность РЛС

То есть сделать разыменование? На сколько упадет производительность сказать сложно, факторов может быть много, но упадет точно :)
Сделайте 2 запроса с обращением к организации напрямую и через документ и протестируйте их скорость исполнения

Регистратор - как правило составной тип.
Соответственно к любому запросу добавится такое количество левых соединений, сколько типов регистратора.
Падение производительности будет зависеть от числа записей в базе как регистра, так и всех регистраторов + от количества регистраторов.
От незначительного до фатального.
Причем будет деградация со временем.
Но в БСП 3,0 чутка другой подход к РЛС, там вычисление доступности записи идет не в момент выполнения запроса, а в отдельном потоке при изменении данных с некоторой задержкой. В такой схеме замедление будет от никакого до незначительного.

Я не говорил про регистратор, а говорил про измерение регистра не составного типа (документ ссылка) и в этом документе есть реквизит Организация. Вот по нему делать отбор.
По сути одно левое соединение.