Переход на Бухгалтерию КОРП 3.0. Подразделения.

ну правильно, в проф же не было обособленных,
откуда ей знать какое подразделение ставить в проводках. Тем более в старых периодах.
Да и переход, по сути, никакой обработки данных не делает.
Если нужны подразделения в старых периодах, - тут либо делать обработку, по замене в проводках. (не перепроведение документов, а именно замена в проводках).
Либо на определенное число, делать корректировочную бух операцию. И жизнь разделится на до перехода, и после.

Я давненько переход такой делал, и припоминаю что по каким то счетам писал обработку, по замене подразделений, а по каким то корректировали бух операцией.
Помню что с основными средствами там были какие то сложности, они тоже там в разрезе подразделений начинают хранится, и перемещения уже отрабатывают не так как раньше.

Я обработкой списывала на нулевой счет, а потом делала сторно этой операции, но уже с подразделениями. Только учтите, после перехода, если у Вас запрещено списание номенклатуры в минус, то остатки будут проверяться и в разрезе подразделений при списании.