Исправить штатное расписание программно (ЗУП 3.1)

Здравствуйте.

После полного переноса из ЗУП 2.5 в ЗУП 3.1 в штатном расписании появились позиции, которых быть не должно и не появились те ставки, которые должны быть.

В базе много организаций, поэтому править штату вручную будет очень долго. Исправить программно не получается.
Подскажите, может я не туда смотрю и всё правится намного легче?

После переноса по каждой организации система создала документы Утверждение штатного расписания. Я очистил табличные части Позиции, Начисления и Показатели.
В Позиции добавил строки по каждой должности в организации, указал ФОТ.
В Начисления и Показатели добавил суммы по каждой должности в организации.
Если вывести строки табличных частей запросом, то все необходимые колонки заполнены. Но в форме Т-3 и в табчасти справочника Штатное расписание нет данных о оплате труда, которые добавлял в Начисления и Показатели.

Подскажите, что делаю не так. Может есть другой способ перенести штату из ЗУПа 2.5?