При открытии отчета передать параметры отбора через копановщик настроек.

// Ищу внешний отчет
 СсылкаНаОбъект = Справочники.ВнешниеОбработки.НайтиПоКоду("000000065");
            ЭтоОбработка = ?(СсылкаНаОбъект.ВидОбработки = Перечисления.ВидыДополнительныхВнешнихОбработок.Обработка, Истина, Ложь);
            ЭтоОтчет = ?(СсылкаНаОбъект.ВидОбработки = Перечисления.ВидыДополнительныхВнешнихОбработок.Отчет, Истина, Ложь);

            Если НЕ (ЭтоОбработка ИЛИ ЭтоОтчет) Тогда
                Возврат;
            КонецЕсли;
            ИмяФайла = ПолучитьИмяВременногоФайла();
            // Получаю и записываю отчет в хранилище
            ДвоичныеДанные = СсылкаНаОбъект.ХранилищеВнешнейОбработки.Получить();
            ДвоичныеДанные.Записать(ИмяФайла);
            // Здесь указаваю ссылку на сотрудника которого хочу добавить в отбор
            СсылкаНаСотрудника = Справочники.ФизическиеЛица.НайтиПоНаименованию("Иванов Иван Иванович");
            Попытка
                Если ЭтоОбработка Тогда
                    Форма = ВнешниеОбработки.ПолучитьФорму(ИмяФайла);
                Иначе
                     Форма = ВнешниеОтчеты.ПолучитьФорму(ИмяФайла);
             КонецЕсли;

             //ЗДЕСЬ ХОЧУ ЗАДАТЬ ПАРАМЕТРЫ ОТБОРА ПО СОТРУДНИКУ (Но это не работает.....)
            ПараметрДанныхСотрудник = Форма.КомпоновщикНастроек.Настройки.ПараметрыДанных.Элементы[8];
            ПараметрДанныхСотрудник.Значение = СсылкаНаСотрудника;
            ПараметрДанныхСотрудник.Использование = Истина;
            ////////////////////////////////////////////////////////////­////////////////

            Если Не Форма = Неопределено Тогда
            // Открываю форму отчета
             Форма.Открыть();