Проблема уже решена, путем перечитывание разных форумов нашел очень полезный ответ.
Сделать нужно вот что: открыть форму отчета "ФормаРасчетнаяВедомость" и в ее модуле найти процедуру "ДействияФормыНастройки". Код в этом модуле поменять следующим образом.
Процедура ДействияФормыНастройки(Кнопка)
//!СФ-В 17.01.17 (
//Если ЭтоОтработкаРасшифровки тогда
// Сообщить("Настройка не доступна для отчета расшифровки.");
// Возврат;
//КонецЕсли;
//
//Если КомпоновщикНастроек.Настройки.Структура.Количество() <> 0
// И ТипЗнч(КомпоновщикНастроек.Настройки.Структура[0]) <> Тип("ТаблицаКомпоновкиДанных") тогда
// Сообщить("Настройка не доступна для отчета расшифровки.");
// Возврат;
//КонецЕсли;
//// запомнить настройку в колонках
//ЗапомнитьНастройку();
//// Получим форму настройки отчета
//ФормаНастройки = ПолучитьФорму("ФормаНастройки", ЭтаФорма);
//ФормаНастройки.ЭлементыФормы.НастройкиСкрытыеГруппировкиКолонок.Доступность = ложь;
//// Заполним настройки формы
//ФормаНастройки.ОтчетОбъект = ОтчетОбъект;
//// Откроем форму настройки
//Сформировать = ФормаНастройки.ОткрытьМодально();
////восстановить настройку
//ВосстановитьНастройку();
//Если СохраненнаяНастройка <> Неопределено
// И ОтчетОбъект.СохраненнаяНастройка.СохранятьАвтоматически Тогда
// СохранитьНастройку();
//КонецЕсли;
//
//// Если в форме настройки нажали на кнопку "Сформировать" сформировать отчет
//Если Сформировать <> Неопределено и Сформировать тогда
// ОбновитьОтчет();
//КонецЕсли;
РезультатРедактирования = ТиповыеОтчеты.РедактироватьНастройкиТиповогоОтчета(ОтчетОбъект, ЭтаФорма);
Если РезультатРедактирования Тогда
ОбновитьОтчет();
КонецЕсли;
//!СФ-В 17.01.17 )
КонецПроцедуры //ДействияФормыНастройки()
Показать
После чего когда вы запустите отчет и нажмете настройки то будут открываться расширенные настройки в которых можно уже делать все что душа пожелает. Собственно вы можете изначально все настроить в настройках СКД и все сохраниться. Вот как то так=)