как сделать 2 публикации одной базы

А если попробовать скопировать папку публикации базы в папке веб сервера? И в одной изменить файл, прописав там логин и пароль, а во второй папке ничего не менять?

Можно на каждый сервис(не важно HTTP или веб) создать файлик где указать его авторизацию(в папке публикации удали из файла default.vrd всю секцию нужного «ws»
рядом с default.vrd создайте файл <имя сервиса>.1cws и укажите в нем параметры подключения к информационной базе включая данные авторизации, например:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<service namespace="http://www.profi1c.ru/fbaEngine" name="fbaService" connectString="Srvr="Server01";Ref="demoFba";usr=web-service;pwd=123456;"/>

Если честно сам так и не докурил эту тему и в итоге запульнул авторизацию на все сервисы(база у меня не доступна) Но копать нужно именно в эту сторону! Единственное обновление публикации тогда будет несколько проблематичным, т.к. каждый раз эти файлики придётся редактировать! Поэтому вариант с 2мя папками где ручками добавить всё нужное мне кажется меняя проблематичным!

(1)
Я тоже столкнулся с такой случаев. И наконец добавил это информационную базу снова в программа и игнорировал сообщение что такое базе есть в списке. Потом в одной базе опубликовал http сервис, а на другом тонкий клиент