Нет, 1С фактически не запустилась. Да и чистить КЭШ можно только в режиме выключенной 1С.
Это могло бы работать так: 1С при запуске EXE обнаруживает проблему с КЭШем и перед закрытием ЗАПУСКАЕТ отдельную утилиту в которую передает как параметр путь к проблемному КЭШу. Утилита отрабатывает и очищает проблемный КЭШ, вторым шагом она ЗАПУСКАЕТ 1С заново.
(5) ttps://infostart.ru/1c/articles/700358/ - "При частом динамическом обновлении конфигурации ИБ иногда возникают неожиданные глюки 1С у различных пользователей, связанные с ошибкой кэша 1С."