С какими ключами нужно запустить конфигуратор, чтобы он открыл конфигурацию, установил заданный режим совместимости и сохранил конфигурацию не задавая вопросов? После этого (или одновременно с этим) нужно выгрузить конфигурацию в файлы.
Нет таких волшебных ключей. Выгружай конфигурацию в файлы, исправляй там XML, загружай обратно. Про ключи загрузки и выгрузки можно прочитать в справке конфигуратора.
