Как сделать так чтобы пользователи видели только свой счета в 1с БП 3.0

1) Самый надежный - через RLS
2) Поищите на сайте - здесь есть несколько решений

Есть еще вариант с РИБ.

А в модуле какого обьекта конфигурации нужно делать отбор?

Формы списка( журнала )счетов. Если ее нет, форму нужно добавить.

А как же быть со счетами, с которыми идет корреспонденция проводок? Их видеть не надо? Ведь нам ни проводки, на оборотки, ни карточки счета не нужны?

(2) Именно в БП не рекомендуется использование RLS. Был негативный опыт? Можете поделиться?

Менеджеры в бухгалтерии не используют бухгалтерские отчёты (а рлс не работает в отчетах вообще, а не только в бухгалтерских).
Если измерение регистра не содержит ограничений по рлс, отчет формируется полностью (а чаще всего должен быть убран из интерфейса).

Отчеты "для директора" писали по принципу перечень основных клиентов/номенклатуры/сотрудников прочие и итого. Это задача обратная РЛС.
Основные и прочие могут вести разные менеджеры(которые в РЛС пользуются только своим).

(7) Могу предположить, что речь идет о документах "Счет на оплату".

(6) а что значит журнал счетов вы имеете ввиду планы счетов?

RLS в бухгалтерских базах бессмысленна, так как база предназначена для работы бухгалтера, который должен видеть все проводки, а значит и всю их аналитику.

Максимум что там можно это настроить доступ на уровне организаций (и еще по мелочи на отдельные объекты), так как организация является общей аналитикой всех проводок.

В случае счетов на оплату типовой функционал тоже дает ограничить только на уровне организации. Но можно создать роль с ограничением по ответственному.

Необходимо уточнить, что в версии 1с 6 был механизм журналов, который перекочевал в 7 ку ввиде клда операции и даже мутировл до кода операции в торговле. В бюджетном учете был аналогичный механизм мемориальных ордеров. Но СКД в принципе не объединяет закрытые рлс
ссылки в пустую, а итоги (даже если назначить на плане счетов реквизит мемориальный ордер и использовать его в проводках) не могут быть ограничены только выбранным мемориальным ордером.
Но отчет журнал-главная вместо шахматки(которая все равно потеряла актуальность в связи с автоматизация по причине большого количества субсчетов, которые выводить вместе с группами счетов всех уровней нечитабельно и невозможно обработать в екселе) по таким мемориальным ордерам вполне пригоден как универсальный бухгалтерский отчет, позволяющий и РЛС и детализацию.
Т.е. РЛС в бухгалтерии как таковой предполагает мемориально-ордерную (а не журнально-ордерную) систему учета.

Проблема в том, что архивные данные противоречат концепции 1с. 1с не переносит данные за закрываемый период в другой аналоничный набор таблиц (чеки в рознице это исключение, которое только подтверждает правило).
Тем не менее мы видим остатки на начало периода в отчетах, хотя сам предыдущей период не показан.
Так и с РЛС.
Вариант "видеть только указанные" недостаточно, как недостаточно оборотно-сальдовая без начальных остатков.
Должен быть еще вариант"разрешенное в деталях, все остальное одной строкой и итого". Хотя бы опционально.
И классический вариант только разрешенные без итого, аналогичный простому журналу документов.

В мемориально-ордерной системе каждая цифра попадает в один и только один мемориальный ордер. Какой именно, можно настроить или прописать, но пользователь другого ордера этой суммы не увидит.

Костыль имхо тут в другом. Субконто в проводках всегда поле составного типа, а мы все знаем (надеюсь что я не права) что поле составного типа делает левые соединения со всеми таблицами, входящими в тип. Ну не будет же в каждом отчете анализу субконто подключать все виды субконто.
Как и добавлять в таблицу счета фактуры для поля основание две колонки - тип основания и само основание.

Т.е. как вариант, служебный справочник основания со всеми документами, хранящий представление, тип и ссылку и использование этого справочника вместо всех документов оснований для просмотра представления (если совсем все плохо) Да это некрасиво, но нагрузку на чтение базы должно снизить.