Ограничение доступа по складам УТ 11.4

Почему не должно быть? Доступ закрыт на склад, а не на документ

Могу вас поздравить, доработались до доработок.
Дело в том что вы назначили ограничение на склады, а документы к ним(к этим ограничениям), по сути ни как не относятся.
Нужно в форме списка при формировании на сервере дописывать, ограничение на отображение элементов ТЧ, что бы была проверка по запрещенным складам и есть склад запрещен и есть в документе скрывать строку....

Типовых механизмов в УТ которые бы решили эту проблему - нет.

Но учтите ситуацию, когда перемещение сделал админ и сделал его с запрещенного склада на разрешенный, и кладовщику нужно будет принять товар, а он не увидит документ....

Именно потому ограничение работает так:
Если в документе есть хотя бы один разрешенный склад - документ видно.

Как вариант дописывать не запрет на просмотр, а запрет на изменение. если в документе есть запрещенный склад, это можно реализовать в процедуре ПередЗаписьюНаСервере, причем лучше это реализовать в расширении))